Após os eventos de Batman: Arkham Asylum (2009), uma parte da cidade de Gotham foi transformada em uma prisão, projetada para manter a escória da cidade longe das pessoas. Bruce Wayne protesta contra esta prisão, mas logo é sequestrado pelo desprezível Hugo Strange, tendo que enfrentar os vilões mais poderosos da cidade como o Batman enquanto tenta descobrir os planos de Strange.
Em uma conferência de imprensa realizada por Bruce Wayne para declarar sua oposição a Arkham City, mercenários TYGER o prendem e o aprisionam em Arkham City. Hugo Strange revela seu conhecimento da dupla identidade de Wayne como Batman antes de liberá-lo na população criminosa da prisão. Enquanto Strange se prepara para iniciar o "Protocolo 10", Wayne obtém seu equipamento via airdrop de Alfred Pennyworth, permitindo que ele se torne o Batman. Ele primeiro salva a Mulher-Gato de ser executada por Duas-Caras, que espera ganhar respeito matando-a. Depois que o Coringa tenta assassinar a Mulher-Gato, Batman o rastreia até seu esconderijo na Sionis Steelmill, acreditando que o Coringa pode saber a verdade por trás do Protocolo 10. Lá, Batman descobre que as propriedades instáveis da fórmula do Titã estão mudando no sangue de Coringa, matando-o gradualmente. Coringa captura Batman e realiza uma transfusão de sangue nele, infectando-o com a mesma doença fatal. Coringa também revela que os hospitais de Gotham foram envenenados com seu sangue infectado. Desesperado para salvar a si mesmo e aos cidadãos inocentes, Batman procura o Sr. Freeze, que estava desenvolvendo uma cura, mas desde então foi sequestrado pelo Pinguim. Rastreando Pinguim para o Instituto Nacional de História Cyrus Pinkney, Batman derrota suas forças, seu monstro preso Solomon Grundy e, finalmente, o próprio Pinguim, antes de libertar o Sr. Freeze diz a Batman que ele já desenvolveu a cura, mas sua instabilidade a torna inútil. Batman deduz que as propriedades restauradoras do sangue de Ra's al Ghul podem completar a cura. Batman rastreia um dos assassinos de Ra's al Ghul até seu covil subterrâneo, levando Batman a um confronto com Ra's e sua filha Talia, ex-amante de Batman. Com o sangue de Ra's al Ghul, Freeze é capaz de desenvolver um antídoto, mas é roubado por Harley Quinn antes que Batman possa usá-lo. Quando ele retorna ao Coringa, Batman o encontra restaurado à saúde. Enquanto os dois lutam, Strange ativa o Protocolo 10, que é revelado como um esquema para acabar com toda a população de Arkham City e destruir o elemento criminoso de Gotham. As tropas do TYGER começam a executar os presos enquanto Strange lança ataques de mísseis contra os habitantes de Arkham de sua base na Wonder Tower. Um míssil atinge a siderúrgica, enterrando Batman sob os escombros. Antes que o Coringa possa tirar proveito da situação, Talia chega e oferece a ele a imortalidade em troca de poupar a vida de Batman. Depois de escapar com a ajuda da Mulher-Gato, Batman é convencido por Alfred a encerrar o Protocolo 10 antes de perseguir Talia e Coringa. Batman se infiltra na Torre Maravilha e desativa o Protocolo 10. Ra's al Ghul é revelado como o verdadeiro cérebro por trás de Arkham City e fere mortalmente Strange por não derrotar Batman. Com seu último suspiro, Strange ativa o "Protocolo 11", a autodestruição da Torre das Maravilhas. Batman e Ra's escapam, mas Ra's comete suicídio em vez de arriscar a captura. O Coringa entra em contato com Batman, ameaçando matar Talia, a menos que Batman o encontre no Teatro Monarca. Uma vez que Batman chega, Joker exige a cura, mas é esfaqueado e aparentemente morto por Talia enquanto distraído. Talia admite ter roubado a cura de Quinn, quando ela é morta por um segundo Coringa, ainda atingido pela doença. O Joker saudável que Talia esfaqueou então reanima no Clayface metamorfo, que se revela ter se disfarçado de um Joker saudável o tempo todo, a pedido do vilão doente. Batman incapacita Clayface, mas Joker explode o chão do teatro, enviando Batman despencando no covil de Ra's abaixo. Batman destrói Lazarus Pit rejuvenescedor de Ra antes que o Coringa possa usá-lo e bebe uma porção do antídoto. Batman debate a cura de seu inimigo, mas é atacado pelo Coringa antes que ele possa agir, fazendo com que o frasco de antídoto se esmague inadvertidamente. Batman admite que, apesar de tudo que o Coringa fez, ele o teria salvado. Depois que o Coringa finalmente sucumbe à sua doença e morre, Batman carrega seu corpo para fora de Arkham City. Enquanto o comissário Gordon pergunta o que aconteceu, Batman coloca o corpo do Coringa no capô de um carro da polícia e sai em silêncio.
Hack and slash/Beat 'em up, Adventure
Batman: Arkham Asylum 2, Arkham City, Batman: AC
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